La Ordenanza N°087-CS-UNPA se encuentra organizado en cuatro capítulos:

El primer capítulo se refiere al encuadre general de las misiones y funciones de la Universidad y de sus órganos máximos de gobierno (Asamblea Universitaria y Consejo Superior) establecidas en el Estatuto de la UNPA, y que establecen definiciones para la conformación de la estructura organizativa de funcionamiento institucional.

El segundo capítulo desarrolla las misiones y funciones del Rector y el Vicerrector de acuerdo con lo establecido en el Estatuto Universitario y redefine los roles de las Secretarías y Áreas de gestión en el Rectorado necesarias para cumplir con los objetivos y fines establecidos estatutariamente. Especifica en la orgánica correspondiente, la apertura de los niveles inferiores.

El tercer capítulo comprende las estructuras necesarias para el funcionamiento adecuado de cada Unidad Académica. Se desarrolla en el mismo las misiones y funciones del Consejo de Unidad, el Decano y los Directores de Departamento establecidas por el Estatuto Universitario y redefine los roles de las Secretarías (ex Centros) y Áreas de gestión en las Unidades Académicas necesarias para cumplir con los objetivos y fines establecidos estatutariamente. Especifica la orgánica correspondiente a cada Unidad Académica incluyendo la apertura de los niveles inferiores.

El cuarto capítulo comprende los programas especiales.